第一种情况：丙肝病毒急性感染的“窗口期”。一般来说，丙肝病毒侵入人体后抗体不会马上产生，需要经过4～32周才能从血清中检测到抗HCV。从病毒感染到能够从血中检测到抗HCV的这段时间，被医生称为丙肝窗口期。在这段“窗口期”时间内，尽管血清抗HCV阴性，但实际上血液内已经存在丙肝病毒的复制，并具有传染性。
第二种情况：隐匿性丙肝病毒感染。丙肝病毒的隐匿性感染一般发生在免疫低下人群或两种以上病毒共感染的情况下。在一些免疫低下的人群中，机体的免疫系统对入侵的丙肝病毒不产生抗体或产生的抗体较少，难以检测出来。或者在两种或多种病毒共感染时，病毒之间可能会出现相互干扰的情况，一种病毒会抑制一种病毒的复制或干扰抗体的产生，出现丙肝病毒抗体或抗原的“假阴性”。
等在52例抗HCV阴性/HCV RNA阴性的慢性HBV感染者的肝组织中检测HCV RNA，结果有21例(40%)肝组织标本中HCV RNA阳性，定义为隐匿性HCV感染。在印度，102例HBV感染的透析患者中，30例被诊断为HCV共感染，但只有3例抗HCV阳性，27例(90%)经HCV RNA检测阳性确诊为HCV感染，被认为是隐匿性HCV感染。在一些艾滋病与丙肝病毒共感染时，也会出现这种现象。
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