很多做试管婴儿的患者都有这样的疑问，试管婴儿生儿子女儿是可以自己选择吗？是不是试管婴儿移植前，实验室就能分辨出胚胎是男孩女孩？其实胚胎的性别在精子与卵子结合的那一刻就已经决定了！每一个卵子都含有一条X染色体，而精子有一半含有X染色体另一半含有Y染色，如果一条含X染色体的精子与卵子结合就会形成一个女孩，一条含Y染色体的精子与卵子结合就会形成一个男孩。在胚胎实验室中，并不会对精子究竟含有何种染色体进行检测，也就无从知晓胚胎的性别了。
精子与卵子结合后形成胚胎，但是不同性别的胚胎在体外培养的这几天事件中无论是从发育形态、发育速度、分裂方式、以及卵裂的排列方式等等这些肉眼能观察到的指标方面都是无法对其进行判断的。所以，一般情况下胚胎师在移植前是无法分辨胚胎性别的。就目前的医学技术而言，唯一能都十分准确地判断胚胎性别的办法，就是通过生物学检测，也就是第三代试管婴儿。在国内试管婴儿生儿子女儿是不可选择的，非医学用途的性别鉴定是国家法律明文禁止的，只有在性染色体上携带某些遗传病的患者可以通过性别选择生一个健康的宝宝。
人类某些遗传病如X性连锁疾病，是有选择地在不同性别的后代身上发病的。以血友病的男性患者为例，一般来说他的儿子是正常的；而女儿或正常或携带血友病基因的概率各占一半（血友病基因携带者一般不会发病）；血友病患者如是女性，那她的儿子会发病，而她的女儿携带正常或血友病基因的概率各占一半。这种检测仅在试管婴儿胚胎实验室也是无法完成的，需要试管婴儿胚胎实验室和遗传室共同完成。
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