从目前的临床研究及使用来看，丙肝新药的禁忌症比较少，但妊娠期和哺乳期妇女是绝对不能用的，合并其他疾病、并且所用药物之间有相互作用的患者，也需要慎用，除此之外，大多数丙肝患者都可以应用吉三代。但并不是所有丙肝患者都可以用口服吉三代。
对于有心动过缓、尤其是用胺碘酮治疗的患者，如果同时服用索非布韦、达卡他韦，会加重心动过缓，导致严重的心律失常，所以这类患者一定要慎用吉三代。另外，由于吉三代本身是酶诱导剂，如果患者同时在服用抗结核药、抗癫痫药及平喘药物，会因相互作用导致血液中的药物浓度过高或过低，引起严重的不良反应。因此，这些患者服用吉三代，一定要先请专科医生进行评估，避免不良反应的发生。
丙肝患者合并肝硬化，能用吉三代吗?如果丙肝患者进展到肝硬化，尤其是失代偿期肝硬化，就不能用干扰素治疗了，但口服新药吉三代的问世，给这些患者带来了极大的帮助。理论上，经过治疗清除了丙肝病毒，可以阻断病毒诱导肝硬化损伤的途径，从而减轻、延缓肝硬化的进展。丙肝患者肾功能不好，能用吉三代吗?目前没有明确的证据说明，吉三代对肾脏有直接损伤。如果患者之前就已经有明确的肾功能损害，如慢性肾功能不全，或者是肾衰需要透析，在应用吉三代时，需要谨慎一些。
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