1.病原体不同
这也可以说是丙肝和乙肝之间最根本的区别所在。乙肝病毒是DNA病毒，也是5种病毒性肝炎里唯一的病原体是DNA病毒的肝炎，丙肝则不同，它和甲肝、丁肝、戊肝一样，属于RNA病毒。
2.传播途径不同
许多人都知道，乙肝主要是通过血液、体液及母婴传播，丙肝和乙肝稍有区别，主要是通过肠道外方式传播，也就是说丙肝的主要传播方式是输血和血制品，当然，母婴传播也是丙肝的重要传播途径之一。
3.感染不同
乙肝作为有保护性抗体的肝炎，只要体内有乙肝表面抗体，就不容易被感染；相比之下，丙肝是没有保护性抗体的一种病毒性肝炎，也就是说，人们接触丙肝病毒之后，普遍容易被感染。
还有一点，乙型肝炎大约只有10%左右的急性肝炎患者会转变为慢性肝炎，丙肝的慢性肝炎转变率却高达50%！因此，这也是我国目前需要大力控制丙肝的原因之一。一旦变成慢性肝炎患者，若是病情不加以控制，任其发展，转变为肝炎肝硬化甚至是肝癌，也是迟早的事。
4.丙肝不容易预防
目前在我国的乙肝疫苗普及率非常的高，从很大程度上去预防了乙肝的发生。而丙肝这个疾病则不同，是没有丙肝疫苗的。所以从某种程度上来说，加大了大家患上丙肝的几率，是个预防起来有难度的疾病。
5.丙肝更易耐药、变异
丙肝相比较于乙肝而言，在耐药变异性上是更强的，在治疗上会给医生带来非常大的困难。并且对于后期的预后也不是很理想，会影响到患者的病情。
6.诊断不同
在诊断方面，乙肝是通过血清学检查去进行的，诊断起来比较容易一些。而丙肝而要麻烦一些，病毒检测费用较高，并且丙肝抗体经常有假阳性和假阳性的情况发生，诊断起来难度较高。
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