药物相互作用：可改变甲磺酸伊马替尼血浆浓度的药物 CYP3A4抑制剂：健康受试者同时服用单剂酮康唑（CYP3A4抑制剂）后，甲磺酸伊马替尼的药物暴露量显着增加（平均最高血浆浓度（Cmax）和伊马替尼曲线下面积（AUC）可分别增加26％和40％，尚无与其它CYP3A4抑制剂（如：伊曲康唑、红霉素和克拉霉素）同时服用的经验。CYP3A4诱导剂：健康志愿者服用利福平后，伊马替尼的清除增加3.8倍（90％可信区间=3.5-4.3倍），但Cmax，AUC（0-24）和AUC（0-8）分别下降54％、68％和74％。在临床研究中发现，同时给予苯妥英药物后，甲磺酸伊马替尼的血浆浓度降低，从而导致疗效减低。其它诱导剂如地塞米松、卡他咪嗪、苯巴比妥和含有St John麦汁浸膏制剂等，可能有类似问题，因此应避免伊马替尼与CYP3A4诱导剂同时服用。
在与抑制CYP3A4活性相似的浓度下，甲磺酸伊马替尼还可在体外抑制CYP2D6的活性，因此在与甲磺酸伊马替尼同时服用时，有可能增加系统对CYP2D6底物的暴露量，尽管尚未作专门研究，建议慎用。甲磺酸伊马替尼在体外还可抑制CYD2C9和CYD2C19的活性，同时服用华法令后可见到凝血酶原时间延长。因此在甲磺酸伊马替尼治疗的始末或更改剂量时，若同时在用双香豆素，应短期监测凝血酶原时间。应警告病人避免使用含有对乙酰氨基酚的非处方药和处方药。
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