乙肝表面抗原乙肝病毒复制的模板“cccDNA”的活性密切相关。乙肝表面抗原水平越高，说明肝内乙肝病毒cccDNA也越多，病毒则很难完全清除。反之，乙肝表面抗原水平较低的感染者，肝内乙肝病毒cccDNA较少，病毒清除较容易。因此，检测乙肝表面抗原定量检测可以预测抗病毒治疗的疗效。
乙肝表面抗原定量检测可以在治疗前和治疗的过程中预测干扰素的疗效。治疗前乙肝表面抗原＞10000 IU/ml，且HBV DNA＞2×10^8 IU/ml的患者干扰素的疗效较差。HBeAg阳性慢性乙型肝炎患者接受聚乙二醇化干扰素α治疗，如果24周乙肝表面抗原＜1500 IU/ml，继续单药治疗至48周可获得较高的HBeAg血清学转换率。若经过24周治疗乙肝表面抗原定量仍大于20000 IU/ml，建议停止聚乙二醇化干扰素α治疗，改用核苷(酸)类药物治疗。HBeAg阴性慢性乙型肝炎患者在聚乙二醇化干扰素α治疗12周后乙肝表面抗原未下降且HBV DNA较基线下降＜2 log10 IU/ml，应考虑停止聚乙二醇化干扰素α治疗，改用核苷(酸)类药物治疗。
乙肝表面抗原定量检测也可以用于预防核苷(酸)类药物的疗效。治疗前乙肝表面抗原＜1000 IU/ml，或者治疗期间乙肝表面抗原下降速度较快(每年＞0.166 log10 IU/mL)的患者，乙肝表面抗原被清除的可能性较大[6,7]。因此，乙肝表面抗原定量检测也常作为核苷(酸)类药物停药的指标。乙肝表面抗原水平越低，停药后疾病复发的可能性越小。停药时乙肝表面抗原<100 IU/ml或消失的患者停用核苷(酸)类药物后疾病很少复发。
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