我国普通人群中乙肝病毒（HBV）的感染率比较高，但绝大部分属于感染后不发病的无症状乙肝病毒携带者，即化验检查仅有乙肝表面抗原阳性而没有其他异常发现，肝功能也正常。这部分人无需治疗，只需定期检查“两对半”和肝功能，为的是能及早发现可能出现的变化。乙肝治疗目标是抗病毒，在急性乙肝、慢性乙肝、重型乙肝、胆汁淤积性乙肝等乙肝患者中，慢性乙肝患者占据了绝大多数。慢性乙肝的特点是病程长、病情易反复，有明显的肝炎和肝外症状。患者求愈心切，盲目追求乙肝转阴，不当治疗反而会损伤肝脏。另外，临床发现有些患者的症状和化验结果并不相符，如有时肝脏组织损害比较明显，而患者的自我感觉并不明显。因此，治疗必须选择正规医院的肝炎专科，需进行反复化验、动态观察并检测一些重要的指标，才能作出比较科学的判断，为患者制定或调整治疗方案。
临床上，阻断乙肝病毒的复制是慢性乙肝治疗的根本目的，抗病毒治疗有利抑制病毒复制、减少传染性；减轻肝组织损伤，减少或阻止肝纤维化以及由肝硬化所致的肝癌；改善肝功能，提高生活质量。具体来说，就是采取中西药物帮助患者抗病毒、免疫调节、恢复肝功能。由于乙肝病毒的生命力极其顽强，它的致病机理和过程非常复杂，治疗通常需要3至6个月，有的甚至要更长些，不应随意间断。
乙肝转阴并非治愈的标志，在血液中检测出表面抗原（HBsAg）、核心抗体（抗HBc）、e抗原（HBeAg）同时阳性时，俗称“大三阳”；在血液中检测出表面抗原、核心抗体、e抗体（抗HBe）同时阳性，称“小三阳”。对已经感染HBV呈“小三阳”或“大三阳”者，如果肝功能正常，就不必进行阳转阴的治疗。特别是“大三阳”转为“小三阳”或者“小二阳”（即表面抗原和核心抗体阳性）时，其实已是慢性乙肝病毒携带者的自愈和自限，是经治疗后出现的积极反应。
相反，有些患者反复用药治疗后，也出现了乙肝病毒指标的转阴，但患者反而出现了疲乏劳累、腹胀纳差、面色萎黄、肝功能损害加剧、凝血机制恶化等情况，这些转阴可能是病毒变异造成的。这种病毒变异导致的转阴，会导致医生对病情判断失误。因此，乙肝治疗过程中，重要的是肝功能的长期正常及稳定，而不必强调乙肝转阴。
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