乙肝病毒基因决定病毒的复制活性，居于关键位点的1个密码子的变异，可能使病毒复制活性减弱或增强。如果病毒复制增强了就会加重肝脏病变，促使向严重的慢性肝病发展。这就好比破坏分子的人数增加了，造成的危害自然更严重了。
乙肝病毒抗原是由其病毒基因编码合成的，1个关键密码子的变异会改变病毒抗原的性质和功能，从而使乙肝病毒逃脱人体的免疫清除。这就好比破坏分子经过改头换面，不容易被发现，还能适应原本对其不利的环境，更加复制增多。
乙肝病毒变异是怎样发生的？你的孩子很像你，这是因为孩子是由你的遗传模板“复制”出来的；但总归有些不同，这也可说是“变异”。乙肝病毒有很高的复制率，在人体的感染中经历难以计数的复制传代，可能发生核苷酸的掺入错误造成传代失真。乙肝病毒的变异率比其他DNA病毒要高数万倍，每年每个核苷酸密码子的变异有几十万次，但绝大多数不在关键位置上，这种自然的变异没有多少生物学意义。
但受人体免疫或抗病毒药物促发的变异就不同了，可能发生在免疫攻击的病毒抗原部位或药物作用的病毒抗原靶位。变异后病毒仍能复制，甚至更活跃的复制，能逃避免疫清除（免疫逃避）或能逃避药物抑制（耐药变异）。
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