乙肝核心抗体阳性可作为隐匿性HBV感染的标志，由于HBV病毒的复制特点，以及乙肝疫苗，抗病毒治疗的广泛运用，乙肝表面抗原的突变率高发，乙肝表面抗原的突变会导致患者乙肝表面抗原检测结果为阴性，但在血清或肝脏中仍存在HBV DNA，这种情况称为隐匿性HBV感染（OBI）。这些患者通常乙肝表面抗原阴性，乙肝核心抗体、HBV DNA阳性。OBI患者如果作为献血者或肝移植供体，将会对输血和手术安全构成重大隐患，同时乙肝表面抗原突变会加速隐匿性乙肝向肝硬化、肝癌进展，所以，OBI患者的尽早诊断非常重要。
血清检查出单一乙肝核心抗体阳性原因可能有：(1) 急性乙肝感染“窗口期”,机体处于乙肝表面抗原已经消失而乙肝表面抗体尚未产生的阶段，此时乙肝核心抗体 IgM可阳性，血液可能仍具有传染性。(2)慢性乙肝感染，乙肝表面抗原水平很低，低于一般检测方法的检测下限。(3)既往的乙肝感染，由于乙肝核心抗体比乙肝表面抗体在体内存在的时间长，因此在乙肝表面抗体消失或者在可检测水平下限时，乙肝核心抗体仍可存在。(4)基因突变而使乙肝表面抗原抗原决定簇的结构发生改变，使得乙肝表面抗原不能被目前基于单克隆抗体的乙肝表面抗原检测试剂盒检出。（5）乙肝核心抗体的被动转移：乙肝表面抗原携带者母亲所生婴儿（乙肝核心抗体可经胎盘转移）可呈现单一乙肝核心抗体阳性。
值得注意的是， 乙肝核心抗体也存在假阳性的情况，可能有以下解释：1、丙型肝炎病毒感染的干扰。有研究发现丙肝患者其单一乙肝核心抗体阳性率也偏高, 但其确切机制有待进一步研究;2、检测方法存在非特异性反应。有学者认为由于目前乙肝核心抗体检测所用的HBcAg为大肠杆菌胞内表达的基因工程抗原,当人群曾感染过大肠杆菌, 体内存在大肠杆菌抗体, 人源标本及多克隆乙肝核心抗体酶标记物中的此种抗体均能与大肠杆菌表达的重组抗原中混杂的菌体蛋白结合而出现假阳性。3、存在HBV标志物间非特异性交叉反应。尤其是酶标HBeAb与HBcAg交叉反应,这种交叉反应的存在可使临床标本中乙肝核心抗体为阴性的标本检测为阳性。这些假阳性的机制均值得进一步的深入探讨。
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