尼洛替尼的主要毒性是骨髓抑制，包括血小板减少症(27%)、中性粒细胞减少症(15%)和贫血(13%)。最常见的尼洛替尼相关的非血液学不良反应是皮疹、瘙痒、恶心、头痛、疲劳、便秘腹泻。
对于不能吞咽尼洛替尼胶囊的患者，可以把胶囊的内容物与一茶匙的苹果酱混合在一起，混匀后应立即服用。苹果酱不能超过一茶匙，同时不能食用除了苹果酱以外的其他食物。
应遵医嘱治疗。但如果错过给药，患者不得另外补充剂量，而是按照处方服用下一次剂量。在一项开放的、多中心研究中，暴露于尼洛替尼的438位患者的安全性研究结果显示，平均治疗时间为5-8个月，13%的患者因为不良反应而终止治疗
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