丙型肝炎病毒虽为嗜肝病毒，但在外周血单核细胞亦可检出，因此，即使肝移植，仍有复发的可能。慢性丙型肝炎肝移植患者包括失代偿期肝硬化及并发肝细胞癌患者，治疗的时机取决于肝脏储备功能及肿瘤的分期。根据终末期肝病计算模型（MELD）积分，MELD<15分应于术前积极抗病毒治疗直至行肝移植，有助于改善肝功能及减少移植术后丙型肝炎复发。MELD≥25分的患者，因肝功能严重失代偿，抗病毒治疗应于移植后实施。MELD15~25分的患者，需综合分析患者情况，选择抗病毒时机。
2018欧洲肝病协会（EASL）指南建议MELD<18~20分的患者，移植前及早抗病毒治疗。对于慢性丙型肝炎或丙型肝炎肝硬化并发肝细胞癌有肝移植指征者，应首先行肝移植，并于术后抗病毒治疗。肝移植患者推荐直接抗病毒药物（DAAs）及治疗方案包括泛基因型的吉三代及基因特异性的吉二代、索磷布韦/达拉他韦。既往治疗失败、存在基线耐药基因突变（RAS）及失代偿期肝硬化等难治性患者，联合利巴韦林治疗可缩短疗程、提高病毒学应答率。
ASTRAL-4研究中纳入失代偿期肝硬化患者267例，经吉三代+/-利巴韦林12~24周治疗，基线MELD<15的患者51%MELD评分改善，部分患者免于肝移植，且无移植生存率明显高于未治疗患者。另有研究报道，肝移植后丙型肝炎复发患者应用吉三代治疗12周，持续病毒学应答率SVR12达95%~100%。值得注意的是，移植后患者应用DAAs抗病毒治疗需要关注与抗排异药物之间的相互作用（DDI）。
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