已上市的两种CAR-T产品价格昂贵。诺华的Kymriah在英国治疗全价为每名患者28.2万英镑（约合37.3万美元）；在美国的费用高达47.5万美元。Kite的Yescarta在美国定价37.3万美元。这个价格包含毒副作用的处理用药。
2018年上半年，Kymriah和Yescarta分别实现了0.28亿和1.06亿美元的销售额，均未达到预期。医保方面，Medicare确定了门诊报销方案：从2018年4月1日起，针对65岁以上老人（无论收入）、年轻的残疾人、透析患者，Kymriah报销额度为50.1万美元，Yescarta报销额度为39.5万美元，患者自费7.9万美元。值得注意的是，以上的支付标准都建立在门诊就医的基础上，由于美国门诊与住院费用完全不在一个量级，分析师估算Yescarta疗法的住院费用至少需要100万美元。
从短期疗效来看，CAR-T疗法几乎可彻底清除血液肿瘤细胞。但若延长观察期限（通常12个月以上），可发现肿瘤复发的情况。诺华公布的CTL019针对59例复发或难治性急性淋巴细胞白血病（ALL）儿童和青少年患者的临床试验结果中，仅18例患者在12月后持续完全缓解，意味着多数患者接受CAR-T治疗后肿瘤都会复发。
和血液肿瘤相比，CAR-T治疗实体瘤遇到的问题更为棘手。一方面，实体瘤发生部位不像血液系统散布全身。CAR-T细胞抵达实体瘤病灶，并浸润到肿瘤内部，是发挥抗实体瘤细胞的先决条件。另一方面，即便CAR-T细胞能够浸润到实体肿瘤内部，也会面临其内部免疫微环境的抑制。比如，实体瘤内部产生了高水平的IDO、PD-1等免疫抑制性分子，会导致T细胞无法正常发挥作用。此外，实体瘤内部微环境存在缺氧、营养匮乏等情况，也不利于CAR-T细胞发挥作用。
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