伊马替尼在人体临床使用中的总体安全性特征通过伊马替尼超过12年的使用经验进行了总结描述。在临床开发中，大多数患者在治疗的某一时间点会发生不良事件。最常报告的不良事件(>10%)为中性粒细胞减少，血小板减少，贫血，头痛，消化不良，水肿，体重增加，恶心，呕吐，肌肉痉挛，肌肉骨骼痛，腹泻，皮疹，疲劳和腹痛。这些事件的严重程度均为轻度至中度，且只有2%～5%的患者因发生药物相关性不良事件导致治疗永久性终止。
在Ph+白血病和实体肿瘤患者间的安全性差异是在Ph+白血病患者中发生骨髓抑制以及在GIST患者中发生GI和肿瘤内出血的发病率和严重程度较高，并且很可能是由于疾病相关的因素造成的。骨髓抑制，GI不良事件，水肿和皮疹是这两个患者群所常见的。其他GI情况，如胃肠道的梗阻、穿孔和溃疡，似乎多为适应症特异性不良反应。在暴露于伊马替尼后观察到的并且可能与使用本品有因果关系的其它突出不良事件，包括肝毒性，急性肾功能衰竭，低磷血症，严重的呼吸系统不良反应，肿瘤溶解综合征和儿童发育迟缓。
根据这些不良事件的严重程度，可能需要调整剂量。根据药品不良反应，在极少数情况下将必须停止用药。
以下不良反应为CML和GIST临床研究中的发生率
全身性异常
很常见：水潴留、周围浮肿(56%)、疲劳(15%)
常见：乏力、发热、畏寒、全身水肿、寒战、僵直
处理：
年纪较大的高危患者：监测眼睑周围是否水肿若出现水肿，开始利尿剂治疗或加大利尿剂剂量
严重水肿：停用伊马替尼并使用利尿剂治疗水肿重新使用伊马替尼 —当进行利尿剂治疗或增加利尿剂剂量时可能需要减少伊马替尼剂量
可选择的处理方案：减少盐的摄入 局部使用0.25%的苯肾上腺素或1%的氢化可的松情况严重时使用利尿剂
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